สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดกลางที่ 12 ดำเนินงานภายใต้ภารกิจสำคัญ ดังนี้

1. ศึกษาและวิเคราะห์การพัฒนาแหล่งน้ำ

ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำแผนพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง รวมถึงแผนป้องกันและบรรเทาภัยที่เกิดจากน้ำ และแผนพัฒนาอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย เพื่อให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ของกรมชลประทาน

2. ควบคุมและดำเนินงานก่อสร้าง

ควบคุมและดำเนินการก่อสร้างโครงการพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง ให้เป็นไปตามแบบก่อสร้าง หลักวิศวกรรม มาตรฐานความปลอดภัย ระยะเวลา และแผนงบประมาณที่กำหนด

3. ติดตามและประเมินผลโครงการ

ติดตามและประเมินผลโครงการพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง โครงการป้องกันและบรรเทาภัยอันเกิดจากน้ำ โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ และโครงการอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย

4. สนับสนุนการบริหารจัดการน้ำ

สนับสนุนการเพิ่มปริมาณน้ำต้นทุน การกักเก็บน้ำ การส่งน้ำ การระบายน้ำ และการป้องกันปัญหาน้ำท่วมและภัยแล้ง เพื่อให้ประชาชนและเกษตรกรสามารถใช้น้ำได้อย่างเพียงพอและเหมาะสม

5. บูรณาการการทำงานร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ผู้นำชุมชน และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง รวมถึงปฏิบัติงานตามที่อธิบดีกรมชลประทานมอบหมาย